间质性膀胱炎患者的尿液是正常的，主要的原因并不是感染，有的医师说是盆腔外科手术或感染产生的淋巴管梗阻是其病因，而许多患者没有这样的病史。也有的医师说是由于血栓静脉炎伴膀胱或骨盆内脏器急性感染，或由于精神冲动产生长期小动脉的痉挛所致，还可能与内分泌因素有关系。

　　现在，很多的证据认为间质性膀胱炎是一种自体免疫胶原性疾病。医师曾经研究了很多的患者，发现85%患者中有抗核抗体，且有相当数量的患者具有反应素型的过敏反应或对药物的超敏性。这可以通过对肾上腺皮质激素治疗高敏可以得到解释。目前，对肥大细胞和膀胱表面氨基酸糖甙在间质性膀胱炎中的作用受到注意，一些研究人员正着手进行这方面的研究。

　　医师们在病理学上发现膀胱壁的深层纤维化，使其容量减少，有时减少相当明显。膀胱粘膜变薄，这在膀胱舒缩部位为明显，有时还可见到小的溃疡或裂隙。在某些严重病例，由于膀胱输尿管连接处受损，可产生膀胱输尿管返流，甚至产生输尿管肾积水及肾盂肾炎。在显微镜下膀胱粘膜变薄，甚至剥脱，固有层中毛细血管常充血伴有炎症反应存在，肌层中纤维组织增生明显，淋巴管扩张。并有淋巴细胞浸润和肥大细胞渗入。

　　间质性膀胱炎的研究还在进一步的发展，医师们致病原因的探索也在继续。