其实导致真正小阴茎的病因包括：

　　(1)病变原发于睾丸的高促性腺激素性腺功能低下症，这时下丘脑和垂体正常，能发出强有力的指令，但睾丸有病，无法执行生产性激素和精子的命令。

　　(2)低促性腺激素性腺功能低下症，这是因为下丘脑和垂体有病变，不能向下发出分泌睾酮指令。上述两种疾患本书已分别介绍过。

　　(3)部分性抗雄激素综合征，即阴茎对雄激素不敏感，患者体内睾酮水平正常，但第二性征异常，甚至可能有尿道下裂。

　　(4)特发性小阴茎，原因至今不明。

　　另有一些男孩，从外表看阴茎短小，龟头亦不能外露，常被误诊为包茎。而实际上它是隐匿型阴茎。

　　隐匿型阴茎是由于阴茎皮肤下面的肉膜发育异常引起的一种先天性畸形。正常肉膜是一层有弹性的结构，阴茎体可在皮下深层自由滑动。隐匿型阴茎患者阴茎部肉膜发育异常，变成没有弹性的，增厚的纤维筋膜，有的还形成索条状物。这些发育异常的筋膜和索条，多位于阴茎近端和基部，严重者可向远侧生长至冠状沟，将阴茎体向近侧牵拉，迫使阴茎突至耻骨联合下方。

　　这些患儿耻骨部脂肪组织又大多过于丰富，更加重了畸形情况，使阴茎深藏在臃肿的皮下组织内。它与肥胖所致的耻骨部脂肪堆积，阴茎藏于皮下的情况不同。后者在发育成熟，脂肪组织减少后，阴茎可恢复正常状态。而隐匿型阴茎若不施行阴茎松解术，会影响阴茎发育，造成患儿心理和生理障碍。由于隐匿型阴茎常伴有包茎，手术者如果不了解本病的发病原因和解剖变异，当作一般的包茎施行包皮环切术，术后不但不能使阴茎回复到正常的解剖位置，而且还损失了部分包皮，引起包皮皮肤的短缩，给今后的治疗带来更大的困难。

　　所以看到患有包茎的男孩，应注意检查阴茎的外露情况，如果阴茎长度正常，仅仅是包皮口狭窄，阴茎口又不能外露，可诊断为包茎。如果阴茎外观很小，检查时发现阴茎海绵体发育正常，但深藏在耻骨部的脂肪组织中，用于向后推阴茎周围皮肤，并牵拉龟头后，能够显露阴茎，但松手后阴茎体很快回缩到耻骨部的脂肪组织中，而且覆盖阴茎的皮肤很短，这时就可诊断为隐匿型阴茎。